1984年，南京艺术学院美术系开始筹建壁画专业。在申办论证期间得到了谢海燕、张道一、张华清、潘谷西、鲍家声等美术前辈、建筑大家的鼎力支持。在北上中央美术学院和中央工艺美术学院的取经过程中，还得到李化吉、张世椿、袁运甫等壁画前辈的具体指导。1985年本科四年制的南艺美术系壁画专业经国家教委批准正式成立。至此，长江以南美术院校没有壁画专业设置的格局得到改变，华东地区的壁画振兴具有了自己的人才培养基地，南京艺术学院也因此成为全国第三所设置壁画专业的美术院校。
壁画系师生作品多次入选第八、十、十一、十二届全国美术作品展并获奖，入选第六届全国体育美展、省级壁画大展等。教师在核心期刊发表大量专业论文，并出版画册、专业教材。师生多年来为国内的机场、地铁、宾馆等公共环境设计制作了众多的大型壁画、公共雕塑，受到社会广泛关注。2020年，壁画所在的绘画专业为首批国家一流本科专业建设点。壁画系一直坚持教学与实践相结合的教学方向，注重培养学生的独立创作设计能力、动手能力、团队合作能力，在规范专业基础课程的基础上开设了多种新材料工艺的制作课程，具有强烈的专业特点和实验精神，引导学生在继承发扬传统绘画的同时追索现代壁画发展前沿技术与艺术观念，为社会培养了大批跨专业、跨学科的综合类高水平人才。
2023年壁画研究生学位研究方向修订为：公共艺术与综合材料研究（壁画、漆画）。
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